卵巢囊肿的治疗方式需根据囊肿的性质、大小等因素来定。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，有自行消失的可能，可定期复查，观察2~3个月经周期，多数可自行消退。
生理性囊肿的观察处理
小型生理性囊肿： 像卵泡囊肿、黄体囊肿等，很多是因激素变化出现的，直径通常小于5厘米，一般不需要特殊治疗，只要每隔1~3个月复查超声，监测囊肿大小变化就行。比如在月经干净后复查，看囊肿是否消失或缩小。持续观察要点： 如果复查时囊肿没消失但也没增大，可继续观察；要是囊肿持续存在或有增大趋势，可能就要考虑其他治疗方式了。
良性囊肿的手术治疗
囊肿较大或有症状时： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者持续存在超过3个月，又或者引起腹痛、月经紊乱等症状，多会考虑手术治疗。手术方式有开腹手术和腹腔镜手术，腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后住院3~7天就能恢复。不同手术方式： 对于年轻有生育需求的患者，多采用囊肿剥除术，尽量保留正常卵巢组织；而年龄较大、无生育需求的患者，可能会考虑患侧附件切除术。
恶性囊肿的综合治疗
确诊恶性需及时治疗： 如果卵巢囊肿被判定为恶性，那就要以手术为主，结合化疗、放疗等综合治疗。手术要尽量切除原发病灶及转移灶，术后根据病理情况制定化疗方案，一般需要多个疗程的化疗，比如紫杉醇联合铂类药物的化疗方案比较常用，化疗可能会有恶心、脱发等副作用，但现在有很多药物可以减轻这些反应。
特殊人群的治疗考量
育龄女性： 育龄女性发现卵巢囊肿时，要先区分是生理性还是病理性的。如果是生理性的，不用太担心；若是病理性的，要根据具体情况权衡手术对生育功能的影响，比如尽量选择对卵巢功能影响小的手术方式。老年女性： 老年女性患卵巢囊肿时，恶性的可能性相对较高，所以更要积极检查确诊，一旦确诊为恶性，要尽快采取综合治疗措施，不过也要考虑患者的身体耐受情况来调整治疗方案。