卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有一定的自行消失可能，可定期观察，比如每3~6个月复查一次超声。
生理性囊肿的观察处理
小且无症状的生理性囊肿： 像滤泡囊肿和黄体囊肿，很多是由于激素变化引起的，通常不需要特殊治疗，一般在月经周期结束后可能会自行消退，这时候每3到6个月复查超声监测囊肿变化就行。观察中的注意事项： 如果观察期间囊肿持续存在或者有增大趋势，那就需要进一步评估了。
手术治疗情况
囊肿较大或持续存在： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者怀疑是病理性囊肿时，多需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后住院3~7天左右就能恢复。不同人群手术考虑： 对于有生育需求的女性，会尽量保留卵巢功能；而接近绝经期或无生育需求的女性，可能会考虑做患侧附件切除等手术。
药物治疗情况
炎性囊肿： 如果是炎症引起的卵巢囊肿，可能会使用抗生素治疗。比如盆腔炎性包块导致的卵巢囊肿，常用头孢类联合甲硝唑等抗生素，一般需要规范用药1~2周，用药期间要注意观察症状是否缓解。内分泌相关囊肿： 对于一些因内分泌失调引起的卵巢囊肿，可能会用到调节内分泌的药物，不过这类药物的使用需要在医生严格评估内分泌情况后进行，而且用药过程中要定期复查激素水平和囊肿变化。