疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹、溃疡为特征的疾病，治疗主要是对症用药缓解症状。一般来说，可使用一些对症的药物来改善不适。
对症缓解药物
退烧药： 如果患者体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚来退热，它能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用，适用于儿童和成人（儿童需根据体重按剂量使用）。抗病毒药物： 目前对于肠道病毒感染引起的疱疹性咽峡炎，没有特效的抗病毒药物，但是如果是由柯萨奇A组病毒等引起，在发病早期可遵医嘱使用干扰素α等，它可以抑制病毒在细胞内的复制。
局部用药缓解疼痛
含漱液： 可以使用生理盐水漱口，保持口腔清洁，减轻咽部不适。如果咽痛明显，还可以使用一些局部喷雾，比如含有利多卡因成分的喷雾，能暂时缓解疼痛，但要注意按照说明书使用，儿童使用需谨慎。含片： 像西地碘含片，它可以在口腔内缓慢释放碘，有杀菌消炎的作用，有助于减轻咽部的炎症和疼痛，但对碘过敏者禁用。
注意事项与特殊人群
儿童用药需谨慎： 儿童患疱疹性咽峡炎时，使用药物要格外注意剂量和禁忌。比如退烧药对乙酰氨基酚，2 - 3岁儿童一般按体重给予合适剂量，不能超量使用。而且儿童使用局部喷雾或含片时，要防止误吞等情况发生。免疫低下人群： 对于免疫功能低下的患者，如艾滋病患者等感染疱疹性咽峡炎时，除了对症处理外，可能需要更密切的监测和特殊的治疗调整，但一般也是以缓解症状等对症治疗为主，同时要积极治疗基础疾病，提高机体免疫力。饮食方面配合： 在用药的同时，患者要注意饮食，避免食用辛辣、刺激性食物，多吃清淡、易消化的食物，如小米粥、软面条等，这也有助于咽部不适的缓解，而不是单纯依赖药物，药物只是起到辅助改善症状的作用。