疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹、溃疡为特征的疾病，治疗主要是对症用药缓解症状。一般来说，可使用一些抗病毒药物以及对症退热、止痛的药物等。
常用对症药物
退热药物：如果患者体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚来退热，它适用于儿童和成人，能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用。止痛药物：对于咽痛明显的患者，可使用含漱液，如复方硼砂溶液等，有一定的止痛、清洁口腔作用；也可以使用咽喉喷雾剂，如冰硼散等，能起到消肿止痛的效果。
抗病毒药物选择
干扰素：可局部喷雾或雾化吸入，能抑制病毒复制，起到抗病毒的作用。不过使用时要注意可能会有局部刺激等不良反应。中成药：一些清热解毒的中成药也可辅助治疗，比如蓝芩口服液，它具有清热解毒、利咽消肿的功效，对疱疹性咽峡炎有一定的缓解作用，但具体使用需在医生指导下进行。
特殊人群用药注意
儿童患者：儿童使用药物时需格外谨慎。退热药物对乙酰氨基酚，2 - 3岁儿童一般一次按体重10 - 15mg/kg服用，要严格按照体重计算剂量。抗病毒的中成药也需根据儿童年龄、体重等调整用量，必须在医生或药师指导下使用。孕妇患者：孕妇患疱疹性咽峡炎时用药更要慎重，退热、止痛及抗病毒药物的选择都需要医生充分评估对胎儿的影响后谨慎开具，尽量选择对胎儿影响较小的药物。
日常护理配合用药
在用药的同时，还需要注意日常护理。患者要多休息，保证充足的睡眠，这样有利于身体恢复。饮食上要吃清淡、易消化的食物，如小米粥、软面条等，避免吃辛辣、刺激性食物，以免加重咽痛症状。同时要注意口腔卫生，饭后及时漱口，保持口腔清洁，这也有助于病情的好转，配合药物治疗能更好地缓解疱疹性咽峡炎带来的不适。