肛瘘治疗效果较好的方式主要有手术治疗和非手术治疗等，手术治疗是主要的根治方法。一般来说，手术治疗能直接去除肛瘘病灶，多数患者通过合适的手术可治愈。
手术治疗方式
瘘管切开术：适用于单纯性低位肛瘘，将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。这种手术相对简单，术后恢复时间一般在2~4周左右。挂线疗法：常用于高位肛瘘，利用橡皮筋或药线的机械压迫作用，缓慢切开肛瘘。通常需要10~14天左右橡皮筋会脱落，对肛门括约肌损伤较小，能较好保护肛门功能。
非手术治疗情况
药物辅助：可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素等，但药物只能暂时缓解症状，不能根治肛瘘。一般在手术前后使用抗生素，用药时间通常根据病情轻重为3~7天不等。坐浴护理：用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1~2次，能清洁肛门，促进血液循环，减轻炎症，坐浴时间每次15~20分钟左右。
术后注意事项
饮食调整：术后要多吃蔬菜水果，保持大便通畅，避免便秘，一般每天应摄入蔬菜500克以上、水果200克以上。少吃辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等。伤口护理：定期换药，观察伤口愈合情况，防止伤口感染、假性愈合等。换药频率一般为每天或隔天一次，持续到伤口愈合。