肛瘘治疗效果较好的方式需根据具体情况选择，一般来说手术是主要的治疗手段，其中低位肛瘘可通过瘘管切开术等手术方式，通常术后恢复相对较快，约1-2周左右创面可逐渐愈合。
手术治疗方式
瘘管切开术：适用于低位单纯性肛瘘，手术是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合。该方法操作相对简单，对肛门功能影响较小。挂线疗法：常用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。一般需要10-14天左右橡皮筋脱落，患者痛苦相对较小，能较好地保护肛门括约肌功能。
非手术治疗情况
药物辅助：在急性感染期可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素等，但药物治疗只能暂时缓解症状，无法根治肛瘘，一般作为手术前后的辅助治疗。不过药物使用需在医生指导下进行，避免自行滥用抗生素导致耐药等问题。
术后护理要点
创面清洁：术后要保持肛门局部清洁，可每天用温水坐浴，一般建议早晚各坐浴一次，每次15-20分钟，这样能促进创面血液循环，利于伤口愈合，还能减少细菌滋生。饮食调整：术后应避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜（芹菜、菠菜等）、水果（香蕉、苹果等），保持大便通畅，防止便秘或腹泻影响创面愈合。便秘时排便用力会影响伤口，腹泻则易刺激伤口导致感染。