甲状腺功能减退的原因有多种。一般来说，自身免疫损伤是常见原因之一，像自身免疫性甲状腺炎，约占全部原发性甲减病因的90%~95%。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 包括桥本甲状腺炎等，机体免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的合成和分泌。例如，在一些自身免疫性甲状腺炎患者中，自身抗体会持续破坏甲状腺，逐渐引发甲减。其他自身免疫性疾病关联： 如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，也可能伴随甲状腺功能减退的发生，这是因为这些疾病的免疫紊乱会波及甲状腺。
甲状腺手术相关
甲状腺切除术后： 如果因甲状腺癌等疾病进行了甲状腺全部或大部分切除，剩余的甲状腺组织不能产生足够的甲状腺激素，就容易引发甲减。一般在甲状腺切除术后的一段时间内，就可能出现甲状腺功能减退的情况，具体时间因人而异，但多数患者会逐渐出现甲减表现。放射性碘治疗后： 用于治疗甲状腺功能亢进的放射性碘，在破坏过多甲状腺组织的同时，也可能导致甲状腺功能减退。通常在放射性碘治疗后数月至数年，部分患者会出现甲状腺功能减退，据统计，约有一定比例的患者会逐渐发展为甲减。
药物及放射治疗影响
药物因素： 一些药物可能会影响甲状腺功能导致甲减。比如治疗心律失常的胺碘酮，其中含碘量较高，长期服用可能干扰甲状腺激素代谢，引发甲减。还有锂剂等药物，也可能对甲状腺功能产生不良影响，导致甲状腺激素分泌不足。放射性治疗影响： 除了放射性碘治疗外，头颈部恶性肿瘤进行放射性治疗时，射线可能损伤甲状腺组织，从而引起甲状腺功能减退。例如，头颈部肿瘤患者接受大剂量放射性治疗后，甲状腺受到辐射损伤，功能逐渐下降。