甲状腺功能减退的原因有多种。据统计，自身免疫性疾病是导致甲状腺功能减退较常见的原因之一。其中，桥本甲状腺炎是最常见的自身免疫性甲状腺疾病，约占所有甲状腺功能减退病因的90%左右。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎： 像桥本甲状腺炎，是由于自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的合成和分泌。患者体内会产生针对甲状腺的抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb），这些抗体会持续破坏甲状腺，逐渐导致甲状腺功能减退。产后自身免疫变化： 部分女性在产后容易出现自身免疫功能的波动，也可能引发甲状腺功能减退，这与产后身体免疫状态的改变有关。
甲状腺手术因素
甲状腺切除手术： 如果因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病接受了甲状腺部分或全部切除手术，那么剩余的甲状腺组织可能无法产生足够的甲状腺激素来维持正常的生理功能，从而引发甲状腺功能减退。一般来说，甲状腺切除范围越大，发生甲状腺功能减退的概率越高。例如，甲状腺全切术后，约90%的患者会逐渐出现甲状腺功能减退；甲状腺次全切术后，发生甲状腺功能减退的比例也能达到50%左右。
放射性碘治疗因素
放射性碘治疗后： 对于甲状腺功能亢进症患者，放射性碘治疗是一种常见的治疗方法。放射性碘会被甲状腺组织摄取，破坏部分甲状腺细胞，虽然能有效治疗甲亢，但也可能导致甲状腺细胞受损过多，进而引起甲状腺功能减退。通常在放射性碘治疗后1 - 2年内，甲状腺功能减退的发生率会逐渐增加，有研究显示，放射性碘治疗后5年，约50%的患者会发展为甲状腺功能减退；10年后，这一比例可高达70%以上。