生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，治疗上常用抗病毒药物来缓解症状、缩短病程等。一般来说，通过规范使用抗病毒药物等方式可进行治疗。
抗病毒药物治疗
阿昔洛韦： 是常用的抗病毒药物之一，能抑制单纯疱疹病毒的复制。它可以口服，也可以外用膏剂。口服的话能有效减轻生殖器疱疹的发作频率和严重程度。伐昔洛韦： 药效比阿昔洛韦更持久，口服后在体内能转化为阿昔洛韦发挥作用，同样能对抗单纯疱疹病毒，缩短病程，减轻水疱、溃疡等症状的持续时间。
局部护理很重要
保持清洁： 患病部位要保持清洁干燥，每天用清水轻轻清洗患处，避免细菌感染。比如可以每天用温水清洗1 - 2次，但要注意动作轻柔。避免刺激： 要穿宽松、棉质的内裤，减少对患处的摩擦和刺激。不要用手搔抓疱疹部位，防止疱疹破裂后引起更严重的感染或扩散。
生活方式的调整
增强免疫力： 平时要注意休息，保证充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7 - 8小时左右。还要适当进行体育锻炼，像散步、慢跑等，每周可以进行3 - 5次，每次30分钟左右，以增强身体的免疫力，有助于减少生殖器疱疹的复发。避免高危行为： 在治疗期间以及治愈后，都要避免无保护的性行为，防止将病毒传染给他人。同时，也要避免与他人共用毛巾、浴盆等个人物品，防止间接传播。
复发情况的应对
复发时的处理： 如果出现生殖器疱疹复发的情况，仍然可以按照上述的抗病毒药物治疗方法来处理，及时使用抗病毒药物减轻症状。如果频繁复发，比如一年复发6次以上，可以在医生评估后，长期小剂量服用抗病毒药物进行抑制治疗，来减少复发的次数。