小儿智力糖浆相对较为安全，目前临床上较少发现明显副作用，但个体差异存在，部分患儿可能出现胃肠道不适，如服药后有轻度恶心、呕吐等表现，一般症状较轻微，不影响继续用药。
胃肠道反应方面
少数患儿服用小儿智力糖浆后可能出现胃肠道不适，表现为恶心，这可能与药物对胃肠道的刺激有关，不过这种刺激通常较轻微，一般不严重影响患儿的整体状况。
个体差异导致的特殊情况
由于每个患儿的体质不同，有的患儿可能对药物中的某些成分较为敏感，除了胃肠道反应外，可能还会有其他不太明显的身体反应，但总体发生概率较低。
长期服用需关注
如果长期服用小儿智力糖浆，虽然副作用发生几率仍较低，但也需要密切观察患儿的身体状况，因为长期用药可能会对患儿的肝肾功能等产生潜在影响，不过目前相关研究显示其对肝肾功能的影响较小，但仍需谨慎对待。
特殊人群需留意
对于年龄较小的患儿，在服用小儿智力糖浆时更要密切关注是否出现副作用，因为小儿的身体机能尚未完全发育成熟，对药物的耐受和反应与成人不同，一旦出现异常应及时就医评估。
