小儿智力糖浆相对较为安全，目前临床报道其副作用较少见。但由于个体差异，部分患儿可能出现胃肠道不适，如轻微的恶心、呕吐等症状，一般症状较轻微，多不影响继续用药。
胃肠道反应方面
少数患儿服用小儿智力糖浆后可能出现胃肠道不适表现，这与药物对胃肠道的刺激有关，但通常程度较轻。
个体差异导致的特殊反应
因每个患儿的体质不同，少数患儿可能对药物中的某些成分较为敏感，从而出现一些较为个别的反应，但这种情况发生概率极低。
长期用药需谨慎评估
虽然目前关于小儿智力糖浆长期使用的副作用研究有限，但从临床情况来看，长期使用时也需要密切关注患儿的身体反应，因为个体差异可能会在长期用药过程中有所体现，需根据患儿具体情况由医生综合判断是否继续用药。
特殊人群的注意事项
对于肝肾功能不全的患儿，使用小儿智力糖浆时需格外谨慎，因为药物需要通过肝肾代谢，可能会对肝肾功能产生一定影响，应在医生的严格指导下使用，并密切监测肝肾功能指标。
