阴茎上长肉芽的常见原因包括：
一、包皮过长：若存在包皮过长乃至包茎的情况，会致使包皮、龟头反复发炎，炎症刺激冠状沟，进而引发结缔组织增生，在龟头冠状沟表面形成一圈小颗粒或小肉芽样的改变，通常不会伴有疼痛或瘙痒等症状。针对这种状况，可以考虑进行包皮环切手术来予以治疗。
二、尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所导致的以疣状病变为主的性传播疾病，能够累及泌尿道、生殖道以及肛肠等部位，常常由不洁净的性行为所引发。患者可以前往皮肤性病科，通过液氮冷冻治疗或激光治疗等方式进行处理。
三、珍珠疹：这是一种出现在阴茎冠状沟边缘和冠状沟处的珍珠状、半透明丘疹，属于一种皮肤病，其形成可能与局部刺激、生理发育变异等相关，一般无需进行治疗，部分患者到中年后有自愈的可能。
总之，当发现阴茎上长肉芽时，需要及时明确原因，并根据具体情况选择合适的治疗方法。