阴茎上长小肉芽可能是尖锐湿疣、阴茎珍珠疹、扁平湿疣、假性湿疣等原因所致，可以通过药物、冷冻、激光、手术等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。表现为阴茎、龟头、冠状沟等部位出现单个或多个乳头状、菜花状、鸡冠状的赘生物，质地柔软，表面湿润，可逐渐增大、增多。治疗方法包括外用药物（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）、物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）和手术治疗（如疣体切除术等）。患者在治疗期间应避免性生活，注意个人卫生，勤换内裤，同时避免食用辛辣刺激性食物。
2.阴茎珍珠疹：病因尚未明确，可能与包皮过长、局部刺激等有关。表现为阴茎冠状沟边缘出现的珍珠状、半透明丘疹，无明显自觉症状。一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方法去除。患者在日常生活中应注意局部清洁卫生，经常清洗阴茎头，勤换内裤。
3.扁平湿疣：是二期梅毒的皮肤损害，主要通过性接触传播。表现为生殖器部位出现的扁平丘疹，表面湿润，可融合成斑块，质软，不痛不痒，可逐渐增大。治疗方法主要是青霉素治疗。患者在治疗期间应避免性生活，同时注意个人卫生，勤换内裤，毛巾、浴巾等物品应单独使用，并进行消毒。
4.假性湿疣：病因尚不清楚，可能与生理变异、阴道分泌物长期刺激等有关。表现为阴唇内侧出现的淡红色或白色丘疹，对称分布，形状比较规则，表面光滑，无明显自觉症状。一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方法去除。患者在日常生活中应注意保持局部清洁卫生，避免过度摩擦和刺激。
总之，阴茎上长小肉芽的原因较多，治疗方法也不同。患者应及时就医，明确诊断后，在医生的指导下选择合适的治疗方法。同时，患者在治疗期间应注意个人卫生，避免不洁性生活，避免食用辛辣刺激性食物。