口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果，比如大约有20% - 30%的人有遗传倾向，如果父母经常长口腔溃疡，子女长口腔溃疡的概率相对较高。
一、局部创伤因素
口腔内机械刺激： 刷牙时用力过猛，或者不小心咬到口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。比如刷牙时刷毛过硬，反复摩擦口腔黏膜，就可能导致局部破损形成溃疡。牙齿残根残冠刺激： 口腔里有尖锐的牙齿残根或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，也会诱发口腔溃疡。比如有锐利边缘的残根，会不断刺激周围的口腔组织。
二、免疫系统因素
免疫力下降时易发病： 当人体免疫力降低，比如感冒、过度疲劳、睡眠不足等情况下，就容易受到病原体侵袭，从而引发口腔溃疡。像长期熬夜后，很多人会发现自己长了口腔溃疡。自身免疫性疾病关联： 一些自身免疫性疾病，如白塞病，口腔溃疡是其常见的症状之一。白塞病除了口腔溃疡，还可能出现眼部病变、生殖器溃疡等症状。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6等，会影响口腔黏膜的正常代谢，容易引发口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况。微量元素缺乏： 缺乏铁、锌等微量元素，也与口腔溃疡的发生有关。例如，锌元素参与人体多种酶的合成，缺乏时会影响细胞的正常分裂和修复，导致口腔溃疡频发。