龟头流脓、小便刺痛通常是病原体感染导致，常见于淋菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎以及包皮龟头炎等病症，必须尽快就医。因不同病因的治疗用药方式各异，需在专业医生指导下进行用药：
一、淋菌性尿道炎：
1.急性淋菌性尿道炎的治疗，首选头孢曲松钠肌内注射，或是大观霉素肌内注射；也可口服头孢克肟。
2.当淋菌性尿道炎患者同时伴有沙眼衣原体感染时，可加用多西环素口服进行治疗。
二、非淋菌性尿道炎：
治疗需遵循尽早、足量、规则的原则。当下治疗的主要选用药物有四环素类、大环内酯类以及喹诺酮类等。例如多西环素、阿奇霉素、氧氟沙星等。
三、包皮龟头炎：
治疗应依据不同病因采取不同方法，首先应按照具体情况去除病因。涵盖：保持局部清洁卫生，局部可使用碘伏溶液或消炎软膏进行涂抹，念珠菌性龟头炎局部可用克霉唑或酮康唑霜进行涂抹，阴道毛滴虫感染者可口服甲硝唑。当患者感染较为严重，怀疑有坏死性龟头炎且伴有发热和腹股沟淋巴结肿大时则需全身应用抗生素。
建议患者一旦发现相关症状，应立刻就医，并遵医嘱进行相应检查以明确诊断，之后医生会根据具体原因给出相应的治疗方案。若有性伴侣应一同就医，医生会根据诊断和具体情况来判断性伴侣是否需要同时接受治疗。
总结提示：龟头出现流脓、小便刺痛等异常表现时要重视，明确病因后对症治疗，且性伴侣可能也需要同步治疗。