龟头流脓、小便刺痛往往是病原体感染的表现，常见于淋菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎以及包皮龟头炎等病症，必须及时进行诊治。不同病因在治疗用药方面各异，需在专业医生指导下用药：
一、淋菌性尿道炎：
1.急性淋菌性尿道炎：治疗上首选头孢曲松钠进行肌内注射，或者大观霉素肌内注射；也可选择口服头孢克肟。
2.当淋菌性尿道炎患者同时合并沙眼衣原体感染时，可加用多西环素进行口服治疗。
二、非淋菌性尿道炎：
治疗应遵循尽早、足量、规则的原则。当前治疗的主要选用药物包括四环素类、大环内酯类以及喹诺酮类药物，比如多西环素、阿奇霉素、氧氟沙星等。
三、包皮龟头炎：
治疗需依据不同病因采取不同的方法，首先应按照具体情况去除病因。涵盖：保持局部的清洁卫生，局部可使用碘伏溶液或消炎软膏进行涂抹，若为念珠菌性龟头炎，局部可用克霉唑或酮康唑霜进行涂抹，对于阴道毛滴虫感染者可口服甲硝唑。当患者感染较为严重，怀疑有坏死性龟头炎且伴有发热和腹股沟淋巴结肿大时，需要全身应用抗生素。
建议患者一旦发现此类症状，应尽快就医，并遵医嘱接受相应的检查，明确诊断后，医生会依据具体原因给出相应的治疗方案。倘若有性伴侣，应一同就医，医生会根据诊断和具体情况，判断性伴侣是否需要同时接受治疗。
总之，出现龟头流脓、小便刺痛等情况后要高度重视，及时就医明确病因，并严格按照医生指导进行治疗，同时性伴侣的情况也要考虑在内，以便全面有效地解决问题。