软镜取肾结石具有较高安全性，当前技术经验成熟，对肾脏损害小，但极个别情况下会有以下状况：
一、术中可能出现输尿管损伤，包括穿孔、热损伤、输尿管撕脱伤等，不过发生率极低。这是因为在手术过程中，器械的操作或其他因素可能会对输尿管造成意外损伤。比如，穿孔可能是由于操作不当导致输尿管壁出现破损；热损伤可能是在使用一些能量设备时产生的热效应引起；输尿管撕脱伤则可能是在过度牵拉等情况下发生。
二、术后可能发生输尿管狭窄，需进一步治疗，现在一般术后会常规留置双J管来引流尿液以避免输尿管狭窄，此并发症发生率也较低。因为手术可能会对输尿管造成一定程度的刺激和影响，从而引发后续的狭窄情况。
三、术后感染风险会增加，有发生尿脓毒症甚至感染性休克从而危及生命的可能，只是发病率相对较低。由于个别肾结石处于肾下盏且位置较深，输尿管软镜可能无法发现结石而不能进行碎石操作。
总之，软镜取肾结石总体较为安全，但仍需警惕可能出现的这些特殊情况。