软镜取肾结石存在出血风险，手术操作可能损伤肾脏血管，导致不同程度的出血，不过目前技术下这种情况发生概率相对可控。
感染风险需重视
软镜取石过程中，若操作不当或患者自身尿路存在感染隐患，可能引发泌尿系统感染，出现发热、尿频、尿急等症状。
结石残留风险不可忽视
尽管软镜取石有较好的取石效果，但仍有可能出现结石残留情况，这与结石的大小、位置等因素相关，若残留结石可能需要后续处理。
对肾脏功能的影响需关注
手术可能对肾脏功能产生一定影响，尤其是对于本身存在肾脏基础疾病的患者，术后需密切监测肾功能变化，年轻患者相对恢复可能较快，而老年患者或有基础肾病者恢复可能较慢。
特殊人群需特别留意
对于儿童患者，软镜取肾结石风险相对更高，需谨慎评估；女性患者在围经期等特殊时期可能增加相关风险；有糖尿病、高血压等基础疾病的患者，手术风险可能因基础病控制情况而不同，需在术前积极控制基础疾病以降低风险。