泌尿系结石的治疗方式需根据结石大小、位置等因素来定。一般来说，直径小于0.6厘米的肾结石，约有50%可通过自行排石排出体外。
药物治疗
止痛药物：当泌尿系结石引起疼痛时，常用非甾体类抗炎药，如双氯芬酸钠，能缓解疼痛症状。还有阿片类镇痛药，如哌替啶，可用于较为剧烈的疼痛，但这类药需在医生指导下使用。排石药物：对于一些较小的结石，可使用排石颗粒等药物，帮助结石排出，但药物排石需满足结石直径较小、表面光滑等条件。
体外冲击波碎石
适用情况：适用于直径在2~2.5厘米以下的肾结石，或直径在1厘米以下的输尿管结石。治疗过程：通过X线或超声对结石进行定位，利用高能冲击波聚焦后作用于结石，使结石裂解，直至粉碎成细砂，随尿液排出体外。治疗后可能会有短暂的血尿、肾绞痛等情况，但大多可自行缓解。
手术治疗
输尿管镜取石术：适用于中、下段输尿管结石，以及经体外冲击波碎石失败的结石。手术时经尿道插入输尿管镜，找到结石后用套石篮取出或用激光将结石击碎后取出。经皮肾镜取石术：适用于较大的肾结石，如直径大于2厘米的肾结石。是通过腰部建立通道，经皮肤穿刺进入肾脏，利用肾镜找到结石后取出或击碎结石取出。术后需注意保持引流管通畅，避免感染等并发症。开放手术：现在已较少采用，主要用于一些非常复杂、其他治疗方式无法处理的结石情况，手术创伤较大，恢复相对较慢。
生活方式调整
增加饮水量：每天饮水量应保持在2000~3000毫升以上，这样能增加尿液生成，有助于小结石的排出，还能稀释尿液，减少结石形成的机会。调整饮食：根据结石成分调整饮食。如果是草酸钙结石，要限制菠菜、苋菜、坚果等富含草酸的食物摄入；如果是尿酸结石，要减少动物内脏、海鲜、啤酒等高嘌呤食物的摄取；如果是磷酸钙结石，要控制高磷食物的摄入等。