泌尿系结石的医治方式需根据结石的大小、位置等因素来定。一般来说，直径小于0.6厘米的肾结石，有自行排出的可能。
药物治疗
排石药物： 常见的有枸橼酸氢钾钠，它可以通过碱化尿液，增加尿液中结石成分的溶解度，帮助结石排出。不过，儿童使用这类药物需谨慎，要在医生指导下进行。溶石药物： 对于尿酸结石，别嘌醇等药物可以抑制尿酸的生成，从而起到一定的溶石作用，但使用时要关注药物的不良反应。
手术治疗
体外冲击波碎石： 如果结石直径在0.6~2厘米左右，且适合体外冲击波碎石的情况，可以采用这种方法。它是利用冲击波聚焦后作用于结石，将结石击碎，然后随尿液排出体外。不过，孕妇、出血性疾病患者等不适合该方法。输尿管镜取石术： 适用于中下段输尿管结石等情况。医生通过尿道插入输尿管镜，找到结石后用激光等将结石击碎并取出。但术后可能会有血尿等情况，需要注意观察。经皮肾镜取石术： 对于较大的肾结石，如直径大于2厘米的结石，经皮肾镜取石术是比较常用的方法。医生会在腰部建立一个通道，通过肾镜找到结石并取出。但该手术有一定的创伤，术后需要注意休息和伤口护理。
生活方式调整
增加饮水量： 每天的饮水量应保持在2000~3000毫升以上，这样可以增加尿量，有助于小结石的排出，还能稀释尿液，减少结石形成的机会。调整饮食： 对于草酸钙结石患者，要限制菠菜、苋菜、坚果等草酸含量高的食物摄入；对于尿酸结石患者，要少吃动物内脏、海鲜等嘌呤含量高的食物，同时减少高糖、高动物蛋白的摄入。适度运动： 适当的运动，如跳绳、跑步等，有助于结石的排出。但如果结石引起了严重的肾绞痛等情况，要避免剧烈运动。