卵巢囊肿的医治需要根据囊肿的性质、大小、患者症状等多方面因素来综合判断。一般来说，对于直径小于5厘米且无症状的单纯性卵巢囊肿，有一定的自行消失可能，可定期（通常3~6个月）进行超声复查观察变化。
一、观察随访情况
生理性囊肿情况： 部分卵巢囊肿是生理性的，比如黄体囊肿，多在月经后半期形成，一般直径常小于5厘米，通常不需要特殊治疗，多数可在2~3个月经周期后自然消失，只需定期复查超声，观察囊肿是否缩小或消失。小囊肿持续观察： 如果囊肿较小（直径＜5厘米）且考虑为非赘生性囊肿，没有引起明显不适症状，医生可能会建议每3个月复查一次超声，监测囊肿大小、形态等变化。
二、药物治疗情况
炎症性囊肿用药： 如果是炎症导致的卵巢囊肿，可能会使用抗生素进行治疗。比如由盆腔炎性疾病引起的炎性卵巢囊肿，会根据病情选用合适的抗生素，如头孢类联合甲硝唑等药物来控制炎症，从而使囊肿有缩小的可能，但药物治疗需要在医生指导下规范使用。激素相关囊肿用药： 对于一些与激素相关的卵巢囊肿，如子宫内膜异位囊肿（属于卵巢巧克力囊肿），可能会使用短效避孕药等药物来调节激素水平，抑制异位内膜的生长，从而控制囊肿的发展，但药物治疗一般不能使囊肿完全消失，多是起到缓解症状、控制病情进展的作用。
三、手术治疗情况
手术指征： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，持续存在不消失；囊肿怀疑为赘生性（即有恶变可能）；囊肿引起腹痛、腹胀等明显不适症状影响生活时，通常需要考虑手术治疗。手术方式有多种，如卵巢囊肿剥除术，适用于希望保留生育功能的患者；还有患侧卵巢切除术等，适用于年龄较大、无生育要求或囊肿恶变的情况。手术通过腹腔镜或开腹的方式进行，具体手术方式需根据患者的具体情况由医生来决定。