双眼皮上长小疙瘩可能是脂肪粒、睑板腺囊肿或瘢痕增生等情况导致的，需根据不同病因选择不同的治疗方式，具体如下。
一、脂肪粒：
脂肪粒是一种起源于表皮或上皮附属器的潴留性囊肿，眼睑周围较为常见。一般来说，脂肪粒通常无需特殊治疗，如果想要去除，可采用无菌针头挑刺法逐个清除。
二、睑板腺囊肿：
这是睑板腺特发性慢性非化脓性炎症，主要表现为无明显疼痛的囊肿。在早期阶段，可以通过热敷来进行治疗，同时可局部注射糖皮质激素。
三、瘢痕增生：
如果自身属于瘢痕体质，且进行过双眼皮切割手术，可能会因为疤痕增生而出现双眼皮上长小疙瘩的现象。此时可以使用硅酮钠凝胶、积雪苷凝胶等祛疤药膏来缓解和改善症状。
如果遇到上述情况，建议及时向专业医生反馈并采取相应的治疗措施，严格遵循医嘱用药。