小肚疼的原因有多种。比如女性生理期小肚疼较为常见，有些女性在月经期间会有30%左右出现不同程度的小腹胀痛等不适。
妇科相关原因
痛经： 分为原发性痛经和继发性痛经。原发性痛经多从月经初潮开始就可能出现，与子宫内膜前列腺素含量增高有关；继发性痛经则可能由子宫内膜异位症、子宫腺肌病等疾病引起。盆腔炎： 多发生在性活跃的生育期女性，有下腹部持续性疼痛，活动或性交后加重，还可能伴有阴道分泌物增多等症状，约20% - 30%的盆腔炎患者会出现小肚疼情况。
肠道相关原因
肠炎： 细菌感染引起的肠炎，如大肠杆菌感染，会导致小腹部疼痛，还可能伴有腹泻、发热等症状，每天腹泻次数可能在数次到十余次不等。病毒性肠炎如轮状病毒肠炎，也会引起小肚疼、腹泻等表现。肠梗阻： 肠道内容物通过障碍，会出现小腹部阵发性绞痛，同时伴有呕吐、停止排气排便等症状，完全性肠梗阻时停止排气排便的情况会比较明显。
泌尿系统相关原因
膀胱炎： 多见于女性，主要表现为小腹部疼痛，还可伴有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，尿常规检查可发现白细胞等异常，约50% - 70%的膀胱炎患者有小肚疼表现。输尿管结石： 结石在输尿管内移动时会引起小腹部剧烈绞痛，疼痛可向会阴部放射，还可能伴有血尿，通过超声等检查可发现输尿管内的结石。