小孩经颅磁刺激一般副作用较少，但也可能存在一些情况。通常来说，其短期副作用相对轻微，长期影响目前研究数据有限。
局部皮肤反应方面
皮肤发红： 在经颅磁刺激治疗过程中，部分小孩可能会出现局部皮肤发红的情况，一般程度较轻，多数在治疗结束后数小时到1 - 2天内可自行消退。这是因为治疗时局部磁场作用可能导致皮肤表层血液循环短暂变化引起。皮肤瘙痒： 少数小孩可能会有局部皮肤瘙痒感，但一般不会很剧烈，很少出现因瘙痒而影响治疗或导致皮肤破损等严重情况。不过如果小孩搔抓，需注意避免抓破皮肤引起感染。
神经系统反应方面
头痛： 个别小孩在经颅磁刺激后可能出现轻度头痛，一般程度不重，多为胀痛，持续时间较短，可能数小时内缓解。这可能与磁场刺激引起的脑部神经暂时调节变化有关。头晕： 部分小孩会有轻微头晕症状，一般不影响日常活动，休息片刻即可缓解。这可能是因为经颅磁刺激对脑部神经功能有一定影响，导致身体平衡或神经调节短暂波动引起。
其他可能情况
睡眠影响： 极个别小孩在治疗后可能出现睡眠短暂改变，比如入睡稍有困难或睡眠中稍有不安，但这种情况很少见，而且多数是暂时的，一般不会对小孩的正常生长发育造成长期不良影响。目前大规模临床研究显示，经颅磁刺激用于小孩治疗时，严重副作用发生概率较低，但在治疗前医生会充分评估小孩的身体状况等，以尽量减少可能出现的副作用。在治疗过程中，医护人员也会密切观察小孩的反应，以便及时处理可能出现的异常情况。