三岁宝宝眼睛肿可能由以下原因导致：
一、睑缘炎：如果三岁宝宝缺乏良好的卫生习惯，经常用手去揉搓眼睛，就有可能致使睑板腺出口被阻塞，使得眼睑内的分泌物无法正常排出而积聚在其内，这样就可能刺激到周围组织，引起睑缘发红、肿胀、发热、疼痛等症状，邻近球结膜的部位也会发生水肿，之后还可能出现黄色脓头。
二、过敏：当三岁宝宝接触到某些过敏物质，比如花粉、动物毛发等，或者食用了海鲜等容易引发过敏的食物，体内就可能释放出组胺物质，进而刺激眼部皮肤组织，引发过敏反应，出现眼睛疼痛、红肿等状况，表现为宝宝眼睛肿，可能还同时伴有皮肤瘙痒、起皮疹等现象。
三、蚊虫叮咬：这种情况在夏季较为多发，蚊虫较多，三岁宝宝在睡觉时可能会遭受蚊虫叮咬，蚊虫的毒素可能会进入到眼部。由于三岁宝宝抵抗力较低，蚊虫毒素侵入后就容易引发眼睛肿的情况，同时伴有眼睛充血、发痒等症状。
总结提示：三岁宝宝眼睛肿的原因多样，主要包括睑缘炎、过敏、蚊虫叮咬等，需根据具体症状进行判断和处理。