口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果，比如大约有20% - 30%的人有遗传倾向，如果父母经常长口腔溃疡，子女患口腔溃疡的概率相对较高。另外，免疫系统出现问题也容易引发口腔溃疡，当身体免疫力下降时，原本潜伏在体内的病毒等就可能活跃起来，导致口腔黏膜受损出现溃疡。
局部创伤因素
口腔咬伤：比如吃饭时不小心咬到口腔内侧，或者被牙齿刮到，就容易形成创伤性口腔溃疡，这种情况在吃饭匆忙、注意力不集中的人群中比较常见。尖锐牙尖刺激：口腔里如果有不合适的假牙、残根残冠等，它们的尖锐边缘长期摩擦口腔黏膜，也会引发口腔溃疡，而且这种溃疡可能会反复在同一个部位出现。
营养缺乏因素
维生素缺乏：当身体缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6、B12时，就容易长口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，很可能因为摄入维生素不足而出现这种情况。一般蔬菜和粗粮里富含B族维生素，像菠菜、燕麦等。微量元素缺乏：锌等微量元素的缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体很多重要的生理活动，缺乏时会影响口腔黏膜的修复，从而增加口腔溃疡的发生几率。
免疫系统因素
自身免疫反应亢进：当免疫系统出现异常，把口腔黏膜当成了“敌人”进行攻击时，就会引发口腔溃疡。比如患有白塞病的患者，除了口腔溃疡，还可能出现眼部、生殖器等部位的病变，这就是免疫系统过度活跃导致的。免疫功能低下：像患有艾滋病、肿瘤等疾病的患者，或者长期服用免疫抑制剂的人，他们的免疫功能受到影响，口腔黏膜更容易受到病原体侵犯，进而引发口腔溃疡。