口腔溃疡的发生原因有多种，比如约20% - 30%的人有口腔溃疡家族史，遗传因素是其中一个重要原因。
一、局部创伤因素
口腔黏膜损伤： 刷牙时用力过猛，或者吃了过于坚硬、粗糙的食物，像坚果、锅巴等，容易擦伤口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。比如经常吃硬糖的人，就可能因糖块摩擦口腔黏膜而出现溃疡。牙齿残根残冠刺激： 口腔内有尖锐的牙齿残根或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，也会导致口腔溃疡反复发生。例如有锐利牙尖的人，溃疡往往会出现在相应部位且长期不愈。
二、免疫系统因素
免疫力下降时易发病： 当人体免疫力低下时，比如感冒、过度疲劳、睡眠不足等情况，就容易受到病原体侵袭，进而引发口腔溃疡。像换季时，很多人因为身体适应能力差，免疫力降低，就容易长口腔溃疡。自身免疫性疾病关联： 一些自身免疫性疾病，如白塞病，口腔溃疡是其常见的症状之一，患者往往还会伴有眼部、生殖器等部位的病变。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6等，会影响口腔黏膜的正常代谢，增加口腔溃疡的发生风险。比如长期吃素、挑食的人，就容易出现维生素摄入不足的情况，从而引发口腔溃疡。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺铁会影响血红蛋白的合成，导致机体免疫功能下降，容易长口腔溃疡。例如孕妇如果缺乏微量元素，就可能更易出现口腔溃疡问题。