乳腺囊肿的治疗方式需根据具体情况而定，一般较小的单纯性乳腺囊肿可定期观察，较大或有症状的可能需要手术等干预。通常来说，对于无症状的单纯性小囊肿，可每3~6个月复查乳腺超声监测变化。
观察随访为主的情况
无症状小囊肿：如果乳腺囊肿较小，直径在1厘米以内，且没有明显疼痛等不适症状，一般建议每3~6个月进行一次乳腺超声检查，观察囊肿大小、形态等有无变化。因为这类小囊肿恶变风险极低，通过定期随访能及时掌握情况。生理性囊肿：部分乳腺囊肿是生理性的，比如与月经周期相关的囊肿，在月经前可能稍大，月经后可能缩小或消失。这种情况下，定期观察即可，无需特殊治疗。
手术治疗的情况
囊肿较大且有症状：当乳腺囊肿直径超过2厘米，或者囊肿引起明显的乳房胀痛等不适症状，影响生活质量时，多考虑手术治疗。手术方式一般为穿刺抽吸囊液，在超声引导下用细针将囊肿内的液体抽出，抽液后囊肿可能会缩小或消失，但有复发可能。不过复发后还可再次穿刺抽吸。怀疑恶变的囊肿：如果通过乳腺超声、钼靶等检查，怀疑乳腺囊肿有恶变倾向，这时候就需要进行手术切除囊肿，并对切除组织进行病理检查，以明确性质，再根据病理结果进一步处理。
药物辅助治疗情况
疼痛明显时：若乳腺囊肿患者伴有明显的乳房疼痛，可在医生指导下适当使用一些缓解疼痛的药物，如逍遥丸等中成药，这类药物有疏肝理气的作用，可能会在一定程度上缓解因乳腺囊肿引起的乳房胀痛，但药物不能使囊肿消失，主要是改善症状。不过药物治疗只是辅助，不能替代对囊肿本身的观察或其他必要处理。