乳腺囊肿的治疗方式需根据具体情况而定，一般较小的单纯性乳腺囊肿可先观察，较大或有症状的可能需要手术等干预。对于无症状的单纯性小囊肿，通常建议每3-6个月复查乳腺超声，观察囊肿变化。
观察随访为主
无明显症状的小囊肿：如果乳腺囊肿较小，没有引起疼痛等不适症状，一般以观察随访为主。比如直径在1厘米以内的单纯性囊肿，可定期通过乳腺超声检查来监测囊肿大小、形态等变化，通常建议每3 - 6个月进行一次乳腺超声复查。生理性囊肿：有些乳腺囊肿是生理性的，比如与月经周期相关的囊肿，在月经结束后可能会有一定变化，通过定期观察，部分可能会自行缩小或消失。
手术治疗情况
囊肿较大伴不适：当乳腺囊肿直径超过2厘米，或者出现明显的乳房胀痛等不适症状，影响生活质量时，多考虑手术治疗。手术方式一般有穿刺抽吸术，在超声引导下用穿刺针将囊肿内的液体抽出，术后需要压迫包扎，并且要定期复查，因为有复发可能。怀疑恶性的囊肿：如果通过检查怀疑乳腺囊肿有恶变倾向，就需要进行手术切除，并对切除组织进行病理检查，以明确诊断和后续治疗方案。
药物辅助情况
对症止痛药物：如果乳腺囊肿患者伴有乳房疼痛症状，可在医生指导下适当使用对症的止痛药物，如布洛芬等非甾体抗炎药来缓解疼痛，但药物只能起到暂时缓解症状的作用，并不能从根本上治疗乳腺囊肿。不过这类药物一般不建议长期大量服用，以免引起胃肠道等不良反应。调节激素药物：对于少数与激素水平明显相关的乳腺囊肿，可能会考虑使用调节激素的药物，但这类药物使用有严格的适应症和禁忌证，需要医生根据患者具体的激素水平等情况来权衡是否使用，且不能自行随意用药。