拔智齿第3天反而痛了可能有以下原因：
一、生理原因：拔智齿属于开放性手术，需要将智齿与周围牙龈组织剥离，这必然会对该部位造成损伤，从而出现疼痛、肿胀等情况，这属于正常现象。可采取冰敷以及适当按摩等方法来缓解疼痛。比如，用冰袋敷在拔牙侧的面部，每次15分钟左右，每天数次；按摩可轻柔地在拔牙部位周围进行。
二、局部感染：拔智齿后会有创口，若患者进食后未做好消毒处理，细菌可能侵入，引发局部感染。可在医生指导下使用一些药物，如布洛芬缓释胶囊，能缓解疼痛；人工牛黄甲硝唑胶囊，有抗菌消炎作用；扑热息痛，可用于止痛。
三、干槽症：目前其病因尚不完全明确，但多与拔牙后创口过大有关，常见症状有间歇性疼痛、局部渗血等。若出现这种情况，建议患者及时前往医院，对创口进行深入消毒处理，并严格按照医生指导使用药物，切不可自行随意用药。
总之，拔智齿后第3天更痛可能是多种情况导致的，需要根据具体表现来判断原因，并采取相应的处理措施。如果不确定或疼痛持续加重，应及时就医。