一般情况下，拔智齿第三天隐隐作痛可能是正常的术后反应，也可能是由感染、干槽症等原因引起的。具体分析如下：
1.正常的术后反应：智齿拔除后的第3天，创口处的愈合还没有完全完成，创口内部的血凝块开始机化，创口表面的牙龈开始生长覆盖创口，创口内部的骨组织长平，创口逐渐愈合，这个过程可能会引起创口局部的隐隐作痛，一般没有明显的红肿，没有明显的异味。
2.感染：如果创口部位发生了感染，会出现明显的疼痛，同时还可能伴有局部的红肿、发热等症状。
3.干槽症：如果拔牙后创口内的血凝块脱落，会导致牙槽窝暴露在口腔中，引起剧烈的疼痛，这种情况在拔牙后3~4天最为明显。
患者在治疗期间需要注意保持口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，可适当食用富含维生素的食物，如蔬菜、水果等，有助于创口的愈合。同时，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取相应的治疗措施。