脚气（足癣）和灰指甲（甲真菌病）的治疗药物有多种，常用抗真菌药物来治疗。一般可以选用外用抗真菌药，如阿莫罗芬搽剂等，不过具体效果因个体差异有所不同。
外用抗真菌药物
酮康唑乳膏： 属于广谱抗真菌药，能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。它可用于治疗脚气和灰指甲的轻症情况，直接涂抹在患处。特比萘芬喷雾剂： 通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成来杀菌。使用时对着患处喷洒，对脚气的止痒、消炎等有一定效果。
口服抗真菌药物
伊曲康唑： 是一种合成的三氮唑衍生物，可抑制真菌细胞色素P450酶，达到抗真菌目的。治疗灰指甲时，常采用冲击疗法，不过需要医生评估肝功能等情况后使用。它对部分脚气合并较严重甲真菌病的情况也有作用。氟康唑： 能特异性地抑制真菌的甾醇合成，进而发挥抗真菌效应。对于一些顽固的脚气和灰指甲也有一定疗效，但同样要在医生指导下，关注用药后的身体反应。
治疗中的注意事项
脚气方面： 要保持足部清洁干燥，每天更换袜子，鞋子也要经常晾晒透气。如果脚气伴有糜烂渗出，不能直接用刺激性强的外用抗真菌药，需先进行收敛等处理。灰指甲方面： 由于指甲生长缓慢，治疗周期较长，一般需要数月。在治疗过程中要定期修剪病甲，配合外用药物使用效果可能更好。而且口服抗真菌药有一定肝毒性风险，所以用药前和用药过程中都要监测肝功能。
特殊人群需注意
儿童： 儿童患脚气或灰指甲时，要谨慎使用抗真菌药物。一般优先选择刺激性小的外用药物，且需在医生指导下使用，避免自行滥用口服抗真菌药，因为儿童肝肾功能发育不完善，药物代谢能力差。孕妇： 孕妇患脚气或灰指甲时，外用抗真菌药相对安全些，但也需咨询医生，尽量选择对胎儿影响小的药物，口服抗真菌药孕妇禁用，以免影响胎儿发育。