藿香正气水和藿香正气胶囊的主要成分相同，均含有苍术、陈皮、厚朴（姜制）、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、广藿香油、紫苏叶油。但两者在剂型、功效、用法用量及不良反应方面有所区别。
1.剂型：藿香正气水为酊剂，藿香正气胶囊为胶囊剂。
2.功效：两者均具有解表化湿、理气和中的功效。但藿香正气水擅长治疗夏季外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的感冒、呕吐、腹泻等症状；藿香正气胶囊则善于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的发热、恶寒、腹胀、腹痛、呕吐、腹泻等症状。
3.用法用量：藿香正气水通常需要先摇匀，口服，一次5~10毫升，一日2次，用时摇匀；藿香正气胶囊一般口服，一次2~4粒，一日2次。
4.不良反应：藿香正气水含有酒精，口感辛辣，服用后可能会出现恶心、呕吐、皮疹、瘙痒、头晕、潮红、心悸等不良反应。藿香正气胶囊不含有酒精，口感略苦，不良反应相对较少，但也可能会出现口干、口苦、腹泻等不适。
需要注意的是，对藿香正气水及藿香正气胶囊中任何成分过敏者禁用。过敏体质者慎用。孕妇慎用。儿童、年老体弱者、哺乳期妇女应在医师指导下服用。高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应在医师指导下服用。
此外，服用藿香正气类药物时，应避免同时服用滋补性中药，饮食宜清淡，忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物，且不宜同时服用藜芦、五灵脂、皂荚或其制剂。如果服用藿香正气类药物2天后，症状无缓解，或出现其他不适，应及时去医院就诊。