藿香正气水和藿香正气口服液的主要成分相同，均含有苍术、陈皮、厚朴（姜制）、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、广藿香油、紫苏叶油。但两者在性状、功效、用法用量及不良反应方面有所区别。
藿香正气水为深棕色的澄清液体（久贮略有浑浊）；味辛、苦。具有解表化湿，理气和中的功效。用于外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻；胃肠型感冒见上述证候者。口服，一次5~10毫升，一日2次，用时摇匀。服药后不得驾驶机、车、船、从事高空作业、机械作业及操作精密仪器。
藿香正气口服液为棕红色的澄清液体（久贮略有浑浊）；味辛、甜。具有解表化湿，理气和中的功效。用于外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻；胃肠型感冒见上述证候者。口服，一次5~10毫升，一日2次。
总之，藿香正气水和藿香正气口服液的区别在于剂型不同，藿香正气水为酊剂，藿香正气口服液为溶液剂。但两者的功效和主治是相同的。在使用时，应根据个人的喜好和症状选择合适的剂型。