小儿疱疹性咽颊炎主要由肠道病毒引起，治疗上以对症支持为主，常用药物有以下几类。一般来说，可使用干扰素α喷雾或雾化来抗病毒，通常每天可进行数次。
抗病毒药物
干扰素α： 具有抗病毒作用，可通过喷雾或雾化的方式给药，能抑制病毒复制，减轻症状，一般每天可根据病情需要进行数次雾化或喷雾。利巴韦林： 也有一定抗病毒效果，但使用时需注意其可能存在的不良反应，如对血液系统的影响等，需在医生严格评估下使用。
对症治疗药物
退热药物
对乙酰氨基酚： 适用于体温超过38.5℃且伴有发热不适的小儿。一般来说，对于3个月以上的小儿，可按照体重给予相应剂量口服，能起到退热作用。布洛芬： 同样可用于退热，6个月以上的小儿可以使用，需根据体重调整剂量，退热效果持续时间相对较长。
缓解咽痛药物
含漱液： 如生理盐水，可用于漱口，能清洁口腔，减轻咽部不适。对于较大能配合漱口的小儿，可以让其用温生理盐水多次漱口。喉咽清口服液： 有清热解毒、利咽止痛的作用，可在医生指导下用于缓解小儿疱疹性咽颊炎引起的咽痛等症状，但需注意小儿的年龄和个体差异，严格遵医嘱使用。
一般护理相关
日常护理： 患病期间要让小儿多休息，保证充足的睡眠，有助于身体恢复。同时要注意隔离，避免交叉感染，一般隔离时间建议2周左右。饮食调整： 给予小儿清淡、易消化的流质或半流质饮食，如牛奶、米粥、果汁等，避免食用辛辣、刺激性食物，防止加重咽部疼痛。比如可以给小儿准备温凉的牛奶，每天可饮用2 - 3次，每次适量。