小儿疱疹性咽颊炎通常由肠道病毒引起，治疗上主要是对症用药缓解症状。一般可以使用干扰素α等药物进行抗病毒治疗，也可使用一些缓解咽痛等症状的药物。
抗病毒药物选择
干扰素α： 具有广谱抗病毒作用，可通过与细胞表面受体结合，激活细胞内抗病毒蛋白，抑制病毒复制。对于小儿疱疹性咽颊炎的肠道病毒感染有一定的抑制作用。一般通过雾化吸入的方式给药。利巴韦林： 也是一种广谱抗病毒药物，可抑制病毒核酸合成，发挥抗病毒效应。但使用时要注意其可能存在的副作用，如对血液系统的影响等，需在医生严格评估下使用。
对症缓解症状的药物
解热镇痛药： 当小儿出现发热症状时，若体温超过38.5℃，可考虑使用对乙酰氨基酚。它能通过抑制前列腺素合成，达到解热镇痛的效果。但要注意按照小儿的体重等情况准确用药，2 - 5岁儿童常用剂量一般有相应规范。缓解咽痛药物： 如小儿咽扁颗粒，具有清热利咽、解毒止痛的作用，可缓解小儿疱疹性咽颊炎引起的咽痛等不适症状。但在使用前需咨询医生，根据小儿的年龄、病情等因素决定是否适用及具体用法。
护理相关注意事项
口腔护理： 要保持小儿口腔清洁，饭后可以用生理盐水漱口，年龄较小的小儿可以由家长用棉签蘸取生理盐水轻轻擦拭口腔，防止口腔继发感染，这也有助于缓解咽部不适。饮食注意： 患病期间小儿的饮食要清淡、易消化，避免食用辛辣、刺激性食物以及过烫的食物，以免加重咽部疼痛。可以给小儿吃一些温凉的流质或半流质食物，如米粥、果汁、牛奶等，保证小儿摄入足够的营养。