治疗肠胃炎的药物有多种，常用的包括益生菌类药物、抑制胃酸分泌的药物以及保护胃黏膜的药物等。比如益生菌类药物中，枯草杆菌二联活菌颗粒等，一般能调节肠道菌群，帮助改善肠胃炎引起的肠道功能紊乱，通常可在药店购买到，价格因品牌等因素有所不同，大概在十几元到几十元不等。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒： 它含有枯草杆菌和肠球菌等有益菌，能补充肠道有益菌群，抑制有害菌生长，对因肠道菌群失调导致的肠胃炎有一定调节作用。但要注意，冲调时水温不宜过高，一般建议用40℃以下的温水冲服。双歧杆菌三联活菌胶囊： 里面包含双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌等，可调整肠道菌群，纠正肠道菌群失调，缓解肠胃炎引起的腹泻、腹胀等症状。不过，该药物需要冷藏保存，以保持活菌的活性。
抑制胃酸分泌的药物
奥美拉唑肠溶胶囊： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，减少胃酸对胃黏膜的刺激，适用于肠胃炎伴有胃酸过多、胃痛等症状的患者。但严重肾功能不全者和婴幼儿要慎用。兰索拉唑片： 同样是抑制胃酸分泌的药物，可有效抑制基础胃酸和各种刺激引起的胃酸分泌，对肠胃炎导致的胃部不适有缓解作用。不过，孕妇及哺乳期妇女需慎用，必须使用时应咨询医生。
保护胃黏膜的药物
铝碳酸镁咀嚼片： 能迅速中和胃酸，并在胃黏膜表面形成保护屏障，减轻胃酸、胆汁等对胃黏膜的侵袭，缓解肠胃炎引起的胃痛、胃灼热感（烧心）、反酸等症状。儿童使用时需在成人监护下进行。枸橼酸铋钾颗粒： 在胃酸条件下产生沉淀，形成弥散性的保护层覆盖于溃疡面上，促进溃疡黏膜再生和溃疡愈合，常用于肠胃炎伴有胃黏膜损伤的情况。但严重肾功能不全者及孕妇禁用该药物。