胃肠功能紊乱目前并没有特定的“特效药”，但可以根据不同症状选择相应药物缓解。比如对于伴有腹痛的患者，可使用匹维溴铵等调节胃肠动力的药物；若有消化不良症状，可选用多酶片等助消化药物；而对于存在明显精神心理因素的患者，可能会用到抗抑郁焦虑药物，如阿米替林等，但具体用药需遵医嘱。
调节胃肠动力类药物
曲美布汀：它能调节胃肠运动节律，对胃肠功能紊乱引起的腹痛、腹胀等有一定缓解作用，可用于改善胃肠运动功能紊乱导致的食欲不振、恶心、呕吐等情况。一般没有严重的禁忌证，但孕妇、哺乳期妇女需在医生评估后使用。匹维溴铵：主要作用于胃肠道的平滑肌，能缓解肠道痉挛，减轻胃肠功能紊乱引起的腹痛症状。它的耐受性较好，不良反应相对较少，但对本品过敏者禁用。
助消化类药物
多酶片：含有胰酶和胃蛋白酶等成分，能促进消化，帮助改善胃肠功能紊乱导致的消化不良症状，如进食后腹胀、早饱等。通常副作用较小，但对酶制剂过敏者禁用。乳酶生：是活肠球菌的干燥制剂，能在肠道内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖并防止肠内发酵，改善消化不良、腹胀等胃肠功能紊乱相关症状。一般来说安全性较高，但铋剂、鞣酸、活性炭、酊剂等能抑制、吸附或杀灭活肠球菌，故不能合用。
调节精神心理类药物
阿米替林：如果胃肠功能紊乱是由明显的精神心理因素，如焦虑、抑郁等引起，可能会用到这类抗抑郁药物。但它有一些不良反应，比如可能会引起口干、嗜睡、便秘等，老年人对其敏感性较高，使用时要特别注意，严重心脏病、青光眼、前列腺肥大者禁用。氟哌噻吨美利曲辛：由氟哌噻吨和美利曲辛组成，可用于治疗轻、中度抑郁和焦虑，对于伴有精神心理因素的胃肠功能紊乱有一定的治疗作用。使用时需注意，严重的心脏疾病、房室传导阻滞等患者禁用，同时不能与单胺氧化酶抑制剂合用。