指甲增厚凹陷可能是以下原因引起：
1.真菌感染：
灰指甲：由皮肤癣菌、酵母菌及非皮肤癣菌等真菌引起的甲感染。甲板会出现浑浊、增厚、表面凹凸不平、变脆易碎、甲分层、变色、甲板萎缩、甲板脱落等症状。
其他：念珠菌感染、曲霉感染等也可能导致指甲出现类似表现。
2.银屑病：
是一种慢性炎症性皮肤病，可累及皮肤、指甲等部位。
指甲病变表现为甲板上出现点状凹陷、纵嵴、沟纹、混浊、肥厚、甲分离、甲下角化过度、甲下增厚等。
3.扁平苔藓：
是一种皮肤-黏膜慢性炎症性疾病，可累及指甲。
甲板损害表现为甲板点状凹陷、纵嵴、肥厚、变色、甲床分离等。
4.斑秃：
是一种自身免疫性疾病，可导致头发和指甲的异常。
指甲表现为甲板上出现点状凹陷、纵嵴、粗糙、易碎等。
5.湿疹：
是一种常见的皮肤炎症性疾病，可累及指甲。
甲板损害表现为甲板混浊、增厚、表面粗糙、易碎、甲床分离等。
6.其他：
营养不良：如缺铁性贫血、维生素缺乏等，可能导致指甲营养不良，出现增厚、凹陷等症状。
系统性疾病：某些系统性疾病，如糖尿病、银屑病、扁平苔藓等，也可能影响指甲的健康。
药物副作用：某些药物可能导致指甲的异常，如化疗药物、抗抑郁药等。
如果发现指甲出现增厚凹陷，建议及时就医，进行相关检查，如真菌镜检、伍德灯检查、血常规、微量元素检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持指甲的清洁卫生，避免搔抓和损伤指甲。