行房时生殖器刺痛可能由多种原因引起，包括用力不当、精囊炎、宫颈炎等。以下是具体分析：
一、用力不当：在行房过程中，如果用力不恰当，致使黏膜受到损伤，就可能出现生殖器刺痛的状况。这种情况通常可以通过充分休息来缓解。同时，可在医生指导下使用一些药物进行治疗以预防感染，比如青霉素V钾分散片、复方三七片、红霉素软膏等。
二、精囊炎：这是男性生殖系统中较为常见的一种感染性疾病，其典型表现有遗精、血精、射精痛等。所以行房生殖器刺痛可能是精囊炎导致的。患者可遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星片、异烟肼片、头孢呋辛酯片等药物进行治疗。
三、宫颈炎：它是一种妇科炎症，由宫颈受损伤以及病原体侵袭而引发，常出现性交后疼痛、出血等现象。因而行房生殖器刺痛也可能是宫颈炎造成的。患者一般可在医生指导下使用阿奇霉素片、盐酸多西环素片、盐酸左氧氟沙星片等药物进行治疗。
总之，当出现行房生殖器刺痛时，应根据具体病因采取相应的治疗措施。如果不确定原因，建议及时就医，进行相关检查和诊断，以便准确治疗。