肝区痛可能由多种原因引起，比如肝脏本身的病变，像肝炎患者中，约60% - 80%会有肝区隐痛、胀痛等不适；也可能是胆道系统疾病等。
一、肝脏相关疾病导致
肝炎： 病毒性肝炎是常见原因，由乙肝病毒、丙肝病毒等感染引起。乙肝在全球约有2.57亿慢性感染者，丙肝也有一定感染人群，病毒持续复制会损伤肝细胞，导致肝区疼痛。肝脓肿： 细菌等病原体感染肝脏形成脓肿，会引起肝区持续胀痛，体温可能升高，有的患者体温能达到39℃以上。
二、胆道系统疾病引发
胆囊炎： 多因胆囊管梗阻、细菌感染等引起，急性胆囊炎发作时，右上腹肝区会出现剧烈绞痛，疼痛可放射至右肩背部，部分患者还会伴有恶心、呕吐等症状。胆结石： 胆囊或胆管内形成结石，结石移动刺激胆道，可导致肝区隐痛或胀痛，尤其是进食油腻食物后症状可能加重。
三、邻近组织器官病变影响
胸膜炎： 胸膜炎症可波及肝脏周围组织，引起肝区牵涉痛，患者除了肝区痛，还会有胸痛、咳嗽等症状，胸痛在深呼吸时会加重。右膈下脓肿： 膈下区域发生脓肿，炎症刺激周围组织，也会导致肝区疼痛，同时可能伴有发热、乏力等全身症状。