肛瘘手术后遗症主要包括肛瘘复发、切口感染以及肛门括约肌功能失常等。具体情况如下：
一、肛瘘复发
1.复杂结构的肛瘘，若仅行肛瘘切开术而未实施挂线疗法，或者引起肛瘘的原发病灶没有清理彻底等多种因素，都可能致使肛瘘复发，表现为瘘管再次形成，外口有脓性、血性、粘液性分泌物排出，肛门内组织出现糜烂破溃，局部产生瘙痒、疼痛等症状。
二、切口感染
1.由于肛瘘的形成大多与感染性疾病相关，如果在肛瘘术后没有妥善处理好原发感染性病灶，或者术后护理不当，没有及时进行清洁换药以及冲洗等操作，均可能引发切口感染，导致愈合延迟。
三、肛门括约肌功能失常
1.在进行肛瘘手术时，如果不小心破坏了肛门括约肌的结构，或者术后形成的瘢痕组织刺激到肛门括约肌，以及肛瘘反复发作累及肛门括约肌导致其功能异常或缺失等原因，均会造成肛门括约肌功能失常，出现肛门失禁的症状。
总结概况提示：肛瘘手术后遗症主要涉及肛瘘复发、切口感染和肛门括约肌功能失常这几方面，需要重视这些可能出现的问题并做好相应的预防和处理。