前庭大腺囊肿主要是由于前庭大腺管开口阻塞，分泌物积聚而成。前庭大腺管开口堵塞的原因有多种，比如在性生活、分娩等情况时，外阴局部受到污染，病原体入侵感染，引发前庭大腺炎，炎症急性期后，腺管黏膜发生粘连，导致管口闭塞，分泌物不能排出，就形成了囊肿。另外，前庭大腺管先天性狭窄或腺腔内黏液浓稠，也会使分泌物排出不畅，从而形成囊肿。
炎症感染引发堵塞：
病原体感染： 常见的病原体有葡萄球菌、大肠埃希菌、链球菌等。当这些病原体侵入前庭大腺时，会引起炎症反应。例如，女性在经期不注意卫生，使用不洁的卫生巾或卫生护垫，就容易让病原体有可乘之机，引发前庭大腺炎症。炎症急性期处理不当： 前庭大腺炎急性期如果没有得到及时有效的治疗，炎症消退后，腺管会因为炎症导致的粘连而阻塞。比如急性炎症发作时，没有足量足疗程使用抗生素，就可能使病情迁延，进而引发囊肿。
腺管自身因素导致：
先天性腺管狭窄： 部分女性的前庭大腺管天生比较狭窄或者腺管开口部黏膜有先天性增厚，这就会影响分泌物的正常排出。这种先天性的因素从出生时就可能存在，虽然出生时可能没有明显症状，但随着时间推移，分泌物逐渐积聚就会形成囊肿。腺腔内黏液浓稠： 一些女性由于自身的生理状况，比如内分泌失调等原因，可能会导致前庭大腺腺腔内的黏液变得浓稠。浓稠的黏液排出困难，长时间积聚就会使腺管扩张，形成囊肿。比如处于特殊生理期，内分泌波动较大时，就可能出现这种情况。
其他外部因素影响：
外阴局部损伤： 外阴受到外力撞击，如性生活时过于剧烈、分娩时会阴部位的损伤等，都可能导致前庭大腺管受损，进而引起管口阻塞。例如，分娩时会阴侧切等操作，如果损伤到前庭大腺管，就有可能影响分泌物的排出，增加囊肿形成的风险。不良卫生习惯： 长期不注意外阴局部清洁，污垢容易堆积，也可能堵塞前庭大腺管。比如有些女性平时很少清洗外阴，或者内裤更换不勤，就为病原体滋生和腺管堵塞创造了条件。