女性前庭大腺囊肿主要是由于前庭大腺管开口阻塞，分泌物积聚而成。前庭大腺管开口被阻塞的原因有多种。
一、炎症因素导致
感染炎症后堵塞： 当女性外阴受到病原体感染时，比如葡萄球菌、大肠杆菌、链球菌等病原体入侵，容易引发前庭大腺炎。在炎症急性期，腺管开口处会出现肿胀，进而导致堵塞，分泌物无法正常排出，就可能形成囊肿。例如，有统计显示，约30%的前庭大腺囊肿患者是因为前庭大腺炎没有得到及时有效的治疗，炎症持续刺激导致腺管堵塞引发的。反复炎症刺激： 如果前庭大腺炎反复发作，就会使腺管反复发生粘连、狭窄等情况，长期以往也容易造成前庭大腺管开口阻塞，从而形成囊肿。有些女性可能一年内会多次发生前庭大腺炎，这样就大大增加了患前庭大腺囊肿的风险。
二、其他机械性因素导致
腺管损伤堵塞： 女性在分娩时，会阴部发生裂伤或者进行会阴侧切等手术操作，可能会损伤前庭大腺管；或者在进行妇科检查、性生活等过程中，也有可能导致前庭大腺管受到损伤，进而引起开口阻塞。比如，有研究发现，约15%的前庭大腺囊肿患者是由于腺管在分娩或手术过程中受到损伤后，没有得到良好修复，导致开口堵塞形成囊肿的。分泌物浓稠堵塞： 个别女性前庭大腺分泌的分泌物本身比较浓稠，也容易导致腺管开口堵塞。当分泌物浓稠时，排出就会不顺畅，时间一长就会积聚形成囊肿。一般来说，这种因分泌物浓稠导致的情况相对炎症因素引起的比例稍低，但也不容忽视。
三、先天性腺管异常导致
先天性腺管狭窄或闭锁： 部分女性存在先天性的前庭大腺管狭窄或者闭锁情况，这就使得分泌物无法正常排出，从而逐渐形成囊肿。这种先天性因素导致的前庭大腺囊肿相对比较少见，但一旦存在就会持续影响分泌物的排出。据相关统计，约5%的前庭大腺囊肿患者是由于先天性腺管异常引起的。