慢性粒细胞白血病的病因目前尚未完全明确，但有一些已知的相关因素。目前认为，费城染色体及BCR-ABL融合基因是慢性粒细胞白血病发病的关键因素，大约95%的慢性粒细胞白血病患者存在Ph染色体，即9号染色体和22号染色体长臂易位，形成BCR-ABL融合基因。
遗传因素相关情况
家族遗传倾向： 虽然慢性粒细胞白血病不是一种典型的遗传性疾病，但有一定的家族聚集性现象。研究发现，如果家族中有亲属患慢性粒细胞白血病，那么家族其他成员患该病的风险会比普通人群略高一些，但这并不是绝对会发病，只是相对风险有所增加。
环境因素影响
电离辐射： 长期接触较高剂量的电离辐射是慢性粒细胞白血病的危险因素之一。比如在核事故现场或者长期从事放射工作且没有做好防护措施的人群，患慢性粒细胞白血病的几率会明显高于正常人群。有数据显示，受到中等剂量以上电离辐射暴露的人群，慢性粒细胞白血病的发病风险比未暴露人群高出数倍。化学物质接触： 长期接触某些化学物质也可能诱发慢性粒细胞白血病。例如长期接触苯及其衍生物的人群，患病风险会增加。苯是一种常见的有机溶剂，在一些化工厂、油漆厂等工作环境中较为常见，如果工人长期暴露在苯污染的环境中，慢性粒细胞白血病的发病概率会上升。
其他相关因素
病毒感染： 有研究推测某些病毒感染可能与慢性粒细胞白血病的发生有关。比如人类T淋巴细胞病毒 - 1（HTLV - 1），虽然目前还没有确凿的证据表明它肯定会直接导致慢性粒细胞白血病，但相关研究发现它与一些血液系统疾病的发生存在一定关联，可能在某些复杂的机制下参与了慢性粒细胞白血病的发病过程。不过这方面还需要更多深入的研究来明确具体的作用机制。