儿童软疣主要通过局部治疗等方式处理，一般可以采用局部药物治疗等方法。通常来说，儿童软疣的治疗有多种方式，其中局部治疗是常见的手段。
局部药物治疗
外用维A酸软膏：维A酸软膏对儿童软疣有一定作用，它可以调节上皮细胞的生长和分化，帮助改善软疣症状，但使用时要注意避免接触到周围正常皮肤。斑蝥素：斑蝥素也可用于儿童软疣的局部治疗，它能引起表皮坏死脱落，从而去除软疣，但使用时需严格按照医生指导，因为其有一定刺激性。
物理治疗方法
冷冻治疗：通过低温使软疣组织坏死脱落。一般来说，冷冻治疗时儿童可能会有短暂的刺痛感，治疗后要注意保持局部清洁干燥，避免感染。冷冻治疗通常需要多次进行，间隔时间一般在2 - 3周左右。刮除术：医生用特制的刮匙将软疣刮除。操作时要注意彻底刮除软疣小体，术后要保持局部清洁，防止感染。对于年龄较小的儿童，操作时可能需要家长配合按住儿童，以保证操作顺利进行。
日常护理要点
保持皮肤清洁：儿童要注意保持皮肤清洁卫生，每天用温水清洗皮肤，但要避免过度搓洗，防止损伤皮肤导致软疣扩散。避免搔抓：要告诫儿童不要搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致病毒传播到其他部位，引起新的软疣生长。衣物消毒：儿童的衣物、毛巾等要定期进行消毒，可通过高温清洗等方式，减少病毒残留，降低再次感染的风险。