治疗直肠炎的药物有多种，常见的包括氨基水杨酸制剂等。例如柳氮磺吡啶，它是治疗轻、中度直肠炎的常用药物之一，通过在肠道内分解出磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，发挥抗炎作用。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪：有口服制剂也有栓剂。栓剂可直接作用于直肠部位，能有效缓解直肠炎引起的腹泻、黏液脓血便等症状。一般来说，对于轻度直肠炎患者，使用美沙拉嗪栓剂局部用药能较快改善症状。奥沙拉嗪：也是氨基水杨酸制剂的一种，适用于直肠炎的治疗，它在结肠部位被细菌分解为两分子5-氨基水杨酸发挥作用，对直肠炎症有一定的缓解效果。
糖皮质激素类
氢化可的松栓剂：对于炎症较为严重的直肠炎患者，可使用糖皮质激素类栓剂。氢化可的松栓剂能快速减轻直肠黏膜的炎症反应，缓解红肿、疼痛等症状。但需要注意的是，这类药物不能长期大量使用，以免引起不良反应。泼尼松龙：口服的糖皮质激素也可用于直肠炎的治疗，不过口服给药时药物到达肠道局部的浓度相对栓剂要低一些，一般在氨基水杨酸制剂效果不佳时考虑使用，但要密切关注可能出现的副作用，如骨质疏松等风险。
微生态制剂类
双歧杆菌活菌制剂：直肠炎患者肠道菌群往往失调，使用微生态制剂可以调节肠道菌群。双歧杆菌活菌制剂能补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长，有助于维持肠道的正常菌群平衡，从而辅助治疗直肠炎，改善肠道功能。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：同样属于微生态制剂，它能促进肠道有益菌的生长，抑制有害菌繁殖，对直肠炎引起的肠道功能紊乱有一定的调节作用，可作为直肠炎治疗的辅助药物。