治疗直肠炎的药物有多种，其中氨基水杨酸制剂较为常用，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，起到抗炎作用，一般需持续使用数周甚至数月。
抗炎类药物
糖皮质激素： 如泼尼松、氢化可的松等。这类药物具有强大的抗炎作用，能迅速缓解直肠炎的症状，但长期使用可能会有一些副作用，比如导致免疫力下降、骨质疏松等，所以通常是在病情比较严重的时候短期使用。免疫抑制剂： 像硫唑嘌呤等，适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或者有激素依赖的患者，它通过抑制免疫系统来发挥作用，但起效相对较慢，可能需要几周甚至数月才能看到明显效果，而且使用过程中需要密切监测血常规等指标。
微生态制剂
益生菌类： 例如双歧杆菌四联活菌片、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等。它们可以调节肠道菌群平衡，改善肠道微环境，有助于直肠炎的修复。一般来说，这类药物相对比较安全，副作用较少，但服用时要注意不能用过热的水送服，以免影响活菌的活性。益生元： 像低聚果糖等，它能为肠道内的有益菌提供营养，促进有益菌的生长繁殖，从而间接起到调节肠道功能、辅助治疗直肠炎的作用，通常可以长期服用来维持肠道菌群的稳定。
保护肠黏膜药物
蒙脱石散： 它可以覆盖在肠黏膜表面，起到保护肠黏膜的作用，能吸附肠道内的毒素和病原体，对于直肠炎引起的腹泻等症状有一定的缓解作用，一般每次服用1袋，用温水冲服，根据腹泻情况可以适当调整服用次数。康复新液： 能促进肠黏膜的修复和再生，可口服也可保留灌肠，口服时一次10 - 20毫升，一日3次；保留灌肠时需要遵医嘱进行操作，它对于直肠炎导致的黏膜受损修复有较好的效果。