非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体、生殖支原体、解脲脲原体等病原体引起，治疗常用的药物有四环素类、大环内酯类等。一般来说，遵医嘱规范用药能取得较好疗效。
常用药物种类
四环素类药物：
多西环素： 属于四环素类抗生素，能抑制病原体蛋白质合成发挥抗菌作用。对非淋菌性尿道炎由上述常见病原体引起的情况有治疗效果。米诺环素： 也是四环素类，抗菌谱与多西环素相似，对非淋菌性尿道炎的病原体有抑制作用。
大环内酯类药物：
阿奇霉素： 是常用的大环内酯类药物，可通过阻碍细菌转肽过程，抑制细菌蛋白质合成。一般单剂服用有较好疗效，能有效针对非淋菌性尿道炎的病原体。红霉素： 同样属于大环内酯类，对非淋菌性尿道炎的部分病原体有抑制作用，可用于治疗该病，但服用时可能有胃肠道不适等副作用需注意。
用药注意事项
特殊人群方面：
孕妇： 孕妇患非淋菌性尿道炎时用药需谨慎，某些药物可能对胎儿有影响，需在医生评估后选择相对安全的药物，比如可能会避免使用四环素类等对胎儿有潜在风险的药物，转而选择对胎儿影响较小的药物。儿童： 18岁以下的未成年人一般不推荐使用四环素类药物，因为可能会影响骨骼发育等，儿童患非淋菌性尿道炎时需选用合适的药物，如大环内酯类中合适的品种，但也需严格遵医嘱。
用药疗程方面：
一般需要按疗程用药，比如大环内酯类的阿奇霉素，可能需要服用一定的天数，要保证足够的疗程以彻底清除病原体，防止病情反复。而且在用药过程中要严格遵医嘱，不能自行随意停药或增减药量，否则可能影响治疗效果或导致病原体产生耐药性。
饮食生活方面：
在用药治疗期间，要注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物，同时要多喝水，多排尿，有助于冲刷尿道，促进病情恢复。还要注意休息，避免过度劳累，治疗期间应避免性行为，防止交叉感染。