非淋菌性尿道炎通常由沙眼衣原体或解脲脲原体等病原体感染引起，治疗常用抗生素。一般来说，常用的药物有阿奇霉素等。
常用药物类型
大环内酯类抗生素： 阿奇霉素是常用的大环内酯类药物，它可以抑制病原体蛋白质合成从而发挥抗菌作用。比如，对于沙眼衣原体感染导致的非淋菌性尿道炎，阿奇霉素有较好的疗效。四环素类抗生素： 多西环素属于四环素类，能抑制细菌蛋白质合成来发挥抗菌功效，对非淋菌性尿道炎的病原体有一定的抑制作用。
不同病原体对应的药物选择
沙眼衣原体感染： 首选阿奇霉素，也可选用多西环素。一般阿奇霉素单剂口服1克，或者多西环素每日2次，每次100毫克，连用7 - 10日。解脲脲原体感染： 同样可以选用阿奇霉素或者多西环素，用药方案基本和沙眼衣原体感染时类似。
特殊人群用药注意事项
孕妇： 孕妇患非淋菌性尿道炎时用药需谨慎，四环素类药物（如多西环素）孕妇禁用，可选用大环内酯类药物如阿奇霉素，但也需在医生严格评估下使用，因为阿奇霉素在孕妇中的使用也有一定的考量，要权衡利弊。儿童： 18岁以下青少年一般不首选四环素类药物，因为可能影响骨骼发育等，若确诊非淋菌性尿道炎，儿童患者需在医生指导下选择合适的药物，比如可考虑安全性相对较高的大环内酯类药物，但具体用药要严格遵医嘱。
用药期间的注意事项
在用药治疗非淋菌性尿道炎期间，要注意避免性生活，防止交叉感染。同时，要按照医生规定的疗程按时用药，不能自行随意停药，否则可能导致病情反复或者产生耐药性。并且，用药后要注意观察自身症状变化，如果症状没有缓解甚至加重，应及时复诊，让医生调整治疗方案。